Doç. Dr. M. Cüneyt BAĞDATLI, 2017 yılından bu yana 11 kongre düzenlemiş ve bu kongrelerin başkanlıklarını yürütmüştür. Birincisi 15-17 Mayıs 2017 tarihleri arasında Nevşehir’de ve ikincisi ise 2-5 Nisan 2018 tarihleri arasında İzmir, Çeşme’de düzenlenen “Uluslararası Tarım, Orman, Gıda Bilimleri ve Teknolojileri (ICAFOF)” konferanslarında konferans başkanlıkları ile 24-27 Nisan 2018 tarihleri arasında yine Çeşme’de gerçekleştirilen “3. Uluslararası İnşaat ve Çevre Mühendisliği Konferansı (ICOCEE)” nda konferans başkanlığı görevini yürütmüştür. Ayrıca Alanya’da 31 Ekim-2 Kasım 2018 tarihleri arasında düzenlenen “Uluslararası Enerji Araştırmaları Konferansı (ENRES)”, 7-9 Kasım 2018 tarihleri arasında “Uluslararası Tarım ve Hayvan Bilimleri Kongresi (ICAGAS)”, 14-16 Kasım 2018 tarihleri arasında “Uluslararası Mühendislik ve Mimarlık Kongresi (ENAR) Başkanlıklarını yürütmüştür. Aynı zamanda düzenlenen bu kongrelerin ikincisini ise 2019 Nisan ayında Marmaris’te düzenlemiştir.
Araştırıcı, Toprak ve Su Kaynaklarının Yönetimi, Hidroloji, İklim Değişikliği, Sulama Sistemlerinin Tasarımı ve Projelendirilmesi, Kırsal Altyapı, Bitki Su Tüketimi, Su Kalitesi ve Kontrolü, Toprak ve Sularda Ağır Metal Kirliliği, Topraklardan Ağır Metal Kirliliğinin Giderimi, Coğrafi Bilgi Sistemleri ve Uzaktan Algılama konularında çalışmaktadır.